In een wereld waarin 80% van de mensen een Quirk (bovennatuurlijke gave) heeft, droomt de quirkloze middelbare scholier Izuku Midoriya ervan om een held te worden zoals zijn idool, All Might. Ondanks zijn gebrek aan krachten weigert Izuku zijn droom op te geven. Zijn leven verandert drastisch wanneer All Might hem kiest als zijn opvolger en hem zijn machtige Quirk, One For All, doorgeeft.
Izuku wordt toegelaten tot U.A. High School, de prestigieuze academie voor helden in opleiding. Daar traint hij samen met klasgenoten zoals Katsuki Bakugo, Ochaco Uraraka en Shoto Todoroki om zijn krachten onder controle te krijgen. Ondertussen dreigt de kwaadaardige League of Villains, geleid door Tomura Shigaraki, de samenleving te vernietigen.
Met intense gevechten, diepgaande karakterontwikkeling en morele dilemma’s onderzoekt My Hero Academia wat het werkelijk betekent om een held te zijn.